صدر عن مجلس الوزراء السوداني قرار يدعوا الى مراعاة خصوصية المسيحيين، وتعزيز أوضاعهم في مناسباتهم الدينية، بما يضمن مراعاة امتحانات الطلاب المسيحيين في أيام عطلاتهم الرسمية التي توافق 25 ديسمبر و7 يناير من كل عام. كما منحهم الحق في المداومة بالعمل يوم الأحد، حتى العاشرة صباحا، يسمح لهم بعدها بالمغادرة لأداء الصلوات في الكنائس.
الحكومة السابقة في عهد البشير كانت قد ضيقت على زيارات كبار رجال الدين المسيحي إلى السودان، فضلاً عن معاناة الطلاب الأقباط في العطلات والاضطرار للدراسة أثناء الأعياد المسيحية أحيانا، كما أصدرت حكومة ولاية الخرطوم في عهده، قرارا بإزالة 27 كنيسة في مناطق متفرقة من العاصمة، بحجة وجود مخالفات في بنائها.
وبزوال نظام عمر البشير، لم تخيب الحكومة الانتقالية آمال الجماعة المسيحية، فجاء تعيين رجاء نيكولا عبد المسيح في المجلس السيادي، كأرفع منصب رسمي تحوز عليه الطائفة ما أشاع ارتياحًا واسعًا أواسطهم.
يذكر أنه ومنذ بدء تطبيق الشريعة الاسلامية في السودان في العام 1983 من قبل نظام الديكتاتور الأسبق جعفر نميري، بدأت عمليات هدم الكنائس واصدار قرارات بازالتها ومنع بناء كنائس جديدة بحجة تناقص
عدد المسيحيين عقب الانفصال، اضافة الى مصادرة أراضي وممتلكات المجمعات الكنسية في كافة أرجاء البلاد، ومنع المسيحيين من ممارسة شعائرهم وتخويفهم عن طريق المحاكم والقبض على القساوسة دون مسوغات
قانونية واضحة وتسليط حد الردة ومنع حرية المعتقد إلى غيرها من الممارسات القمعية بحق مسيحيي السودان الذين ينحدر معظمهم من منطقة جبال النوبة اضافة للمواطنين الاقباط وغيرهم من المسيحيين في البلاد.
