تُحيي الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، اليوم، برئاسة البابا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية ذكرى البابا أغاثون رقم 39 من بطاركة الكنيسة القبطية.
ويذكر الكتاب التاريخي الكنسي السنكسار قصته كالآتي:
في مثل هذا اليوم من سنة 673 ميلادية تنيح الأب البطريرك القديس الأنبا أغاثون التاسع والثلاثون من باباوات الإسكندرية، وكان تلميذ للأب القديس بنيامين البابا الثامن، الذي اختفى زمنا من وجه مضطهد يه الخلقيدونين وترك أغاثون يواظب
على وعظ المؤمنين وتثبيتهم في الإيمان المستقيم. فكان أغاثو يطوف الشوارع والأسواق في النهار في زي نجار، وفى الليل كان يتزيا بزي كاهن ويطوف البيوت أيضا واعظا ومرشدا، وظل كذلك إلى أن فتح العرب مصر وعاد الأب البطريرك بنيامين إلى مركزه.
ولما تنيح البابا بنيامين اختير هذا القديس لرتبة البطريركية الجليلة فلقي شدائد كثيرة في سبيل المحافظة على الأمانة، من ذلك أن إنسانا اسمه ثاؤدسيوس ملكي المذهب مضى إلى مدينة دمشق
وتقدم إلى يزيد بن معاوية والى العرب على دمشق، وقدم له أموالا طائلة، وأخذ منه أمرا بتعينه واليا على الإسكندرية والبحيرة ومريوط، فلما تولى هذا المنصب اضطهد الأب البطريرك، وطلب منه
جزية باهظة، ولكثرة شر الوالي وما صنعه مع الأب البطريرك، كرهه الشعب وتجنبوه، فأصدر أمرا بأن أي إنسان يجد البطريرك في الطريق فليقتله، فمكث الأب البطريرك في قلايته إلى أن أهلك الله هذا الشرير.
وفى زمان هذا الأب كملت عمارة كنيسة القديس مقاريوس بديره بوادي النطرون، وفى إحدى الليالي ظهر له ملاك الرب وأعلمه عن راهب قديس من دير القديس مقاريوس اسمه يوحنا موجود بالفيوم، وأمره أن يستحضره ليساعده في وعظ الشعب وتعليمه، وأخبره بأنه سيصير بطريركا بعده، فأرسل واستحضره وسلم إليه أمور الكنائس وترتيبها وتعليم المؤمنين ووعظهم، وقد مكث هذا الأب في البطريركية مدة تسع عشرة سنة وتنيح بسلام.