توجهت العائلة المقدسة (السيدة العذراء مريم، والسيد المسيح، ويوسف النجار) بعد خروجها من مدينة (سمنود) شمالًا إلى مدينة (سخا) التى تقع فى محافظة كفر الشيخ، حيث سميت قديمًا باسم «بيخا إيسوس» والتى تعنى (قدم أو كعب يسوع)؛ نسبة إلى الحجر الذى طُبع عليه قدم السيد المسيح وهو طفل أثناء مرور العائلة المقدسة بالمدينة.
وذكر المؤرخ «المقريزى» مدينة (سخا) فى القرن الخامس عشر الميلادى، حيث قال: «إن أقباط مصر يحجون إلى سخا كما كانوا يحجون إلى القدس فى عيد القيامة، وتوجد فى المدينة كنيسة السيدة العذراء، التى لها تاريخ قديم؛ حيث إنها كانت مذبحًا واحدًا فقط وهو الأوسط، وتدل طريقة بنائه على أن المكان يرجع إلى القرن الرابع الميلادى.
كانت هذه الكنيسة تُسمى بـ«دير المغطس»، حيث ظل الدير قائمًا حتى القرن الثالث عشر الميلادى، وبه عاش القديس «ساويرس» بطريرك أنطاكية فى ذلك الوقت، وتعرضت الكنيسة للهدم فى القرن السادس عشر؛ ليقوم محمد على باشا والى مصر بإعادة بناء الكنيسة مرة أخرى مع الحفاظ على الطابع الأثرى لها، وما زالت وثيقة الأمر بالبناء موجودة حتى الآن.
كما تم إعادة بناء صحن الكنيسة فى عهد الرئيس الراحل جمال عبد الناصر، وتضم الكنيس بقايا أحد الأعمدة الأثرية وبعض الأوانى الأثرية، كما يوجد شمعدان مكتوب عليه: «إهداء من الحاكم العباسى»، وأهم ما يميز تلك الكنيسة وجود حجر به آثار كعب السيد المسيح وهو طفل، وقد اختفى هذا الحجر لفترة طويلة، وتم اكتشافه أثناء الحفر عام 1984م.
